Самый кошерный вариант внедрение субтитров в видео это псевдо-хардсаб,создание MKV или OGM, тогда субтитры будут отлючаемы, да и есть возможность внедрения сразу нескольких субтитров.
Псевдо-хардсаб:
Качаем отсюда mkvtoolnix -- Matroska tools for Linux/Unix and Windows. Открываем программу и на первой же вкладке жмем ADD и добавляем видео файл и файл субтитров, после этого жмем Start muxing и готово.

Но бывает появляется нужда именно внедрить субтитры в видео, то бишь сделать их частью кадра, таким образом субтитры станут частью видео и смогут проигрываться везде, даже в плеерах не поддерживающих субтитры.
Хардсаб:
Берем наш любимый VirtualDubMod, качаем плагин для него Субтитры - TextSub.vdf, скидываем этот плагин в папку плугинов VirtualDubMod.
Теперь открываем VirtualDubMod, открываем в нем нужное видео, жмем Video - Filters - Add - находим в списке TextSub - жмем Load... и находим нужные нам субтитры. Теперь идем в Video - Compression - ну и собственно как обычно выбираем нужный кодек, настраеваем его. Теперь собственно сохраняем полученый результат Files - Save as. Естественно поскольку идет полное перекодированиt видео, процесс этот занимает больше времени нежели псевдо-хардсаб.

PS В качестве видео для хардсаба всетаки рекомендую использовать равки (raw), то бишь видео не имеюobt в себе уже встроеных сабов, иначе они наложатся друг на друга и смотреть их будет не очень удобно.