По поводу виндов: сами по себе они могут работать с дисками любых обьемов, на самом деле ограничения устанавливаются файловой системой диска, FAT32 может работать с разделами (раздел это не диск, сам винт может быть и большего размера, например: диск 60Гб может быть разбит на два раздела оба по 30Гб) до 32Гб, NTFS может работать с разделами до 2Тб. А уж сколько у тебя будет дисков виндам пофиг.
По поводу железа, предупреждаю сразу собирать буду под AMD по одной простой причине, я не люблю Intel даже зная то что их топовые процессоры ща быстрее. Если кому то будет интересно почему, создавайте отдельную тему, там обьясню.
Также сразу предупрежу, во избежание будущих проблем, помня твою старую конфигурацию, тебе придется сменить блок питания, а лучше вообще корпус (по деньгам это будет практически одно и тоже). При выборе ориентируйся на то что корпус должен способен вмещать в себя материнские платы Full ATX, блок питания должен быть 24pin или 20+4pin и мощностью не менее 400W.
Ещё хочу заметить что практически во всех новых материнках только один IDE канал, то бишь больше двух устройств IDE ты к нему не подключишь. Отсюда следует, что если у тебя сейчас IDE девайсов больше чем 2 или ты расчитываешь например подключать ещё IDE винты, то тебе надо будет ещё преобрести дополнительный IDE контроллер для PCI или PCI-X/PCI-E - это новые слоты пришедшие на смену PCI.
Собирать советую на материнке SocketAM2+ (но продавцы часто забывают про плюсик, так что его может и не быть

), лучше от ASUS или Gigabyte (очень мне понравилась ASUS M2N SLI - Deluxe и не дорогая и функционал что надо и новые четырехядерные процы поддерживает ~3000р), процессор уже смотри по нуждам и финансам тоже на сокет AM2 любой какой тебе больше приглядиться, но для видео нужен помощнее, желательно AMD Athlon 64 X2 5000+ и выше (бери те что BOX чтобы не замарачиваться с покупкой кулера для порца, разгонять ты наверняка всеравно машину не будешь, а родные вполне справляются с охлажением без разгона и работают тихо). Оперативка соответственно нужна DDR2 PC6400 (она же DDR2 800), бери как минимум две планки по 1Гб, а лучше вообще четыре планки, чтобы 4 гига было

, благо она ща не шибко дорогая. И не ведись на предложения продавцов купить шибко шуструю память с мега таймингами, всеравно чтобы заставить ее работать на этих таймингах нужно хорошо разбираться в биосах, потому как на автомате материнка всеравно будет ставить стандартные тайминги для памяти. Память ща не форсированая стоит 700-800р, фирма тебе особо не интересна, поскольку разгонять опять таки не будешь. Хотя... не бери Kingston, они в последнее время какую то лажу гонят, глюков с ними много, лично я беру Samsung или OCZ.
Видео карточку естественно надо брать на PCI-Express, я бы посоветовал взять тебе что-нибудь типа ATI Radeon 2600 XT, с память 256 или 512, стоит она не дорого ~3000р. Такой хватит даже для того чтобы поиграть.
Жесткие диски уже смотри сама, какие тебе обьемы нужны, главное чтобы они были SATA, из фирм рекомендую Samsung, они ща очень хорошие диски делают.